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背景介绍
在过去的十年里,单细胞测序技术的蓬勃发展深刻地扩展了我们对于基础生物学的理解。目前,单细胞转录组测序在一次实验中就可以检测数万个细胞,在解析细胞异质性和鉴定新型细胞亚群方面具有独特的优势。
虽然说单细胞基因组测序亦可为细胞间异质性和基因组不稳定性等问题提供了新的视角,对于生物学和医学同样非常很重要,不过,当前的单细胞基因组测序主要依赖全基因组扩增的方法,而这种方法的普及目前仍被拷贝数变异检测的低精度、低保真度以及测序成本所阻碍。
单细胞中单核苷酸变异(SNVs)的测定一直存在假阳性的难题,这种假阳性主要由两方面原因造成:首先,用于扩增的聚合酶会产生错误。体外DNA合成时,对于大多数DNA聚合酶来说,碱基替换的错误率为10-4到10?6。这表明人类60亿碱基对的基因组在第一个扩增周期就可以产生数千假阳性。第二,细胞裂解和扩增过程中外力因素造成的DNA损伤,以及活细胞内自然发生的损伤,两者均可被DNA聚合酶错误识别并造成假阳性。
图片来源:PNAS
为了解决上述难题,北京大学生物医学前沿创新中心主任谢晓亮团队等在PNAS在线发表了题为AccurateSNVdetectioninsinglecellsbytransposon-basedwhole-genomeamplificationof